使用海科融通POS机进行银联二维码交易时，若遇到报错“银联二维码1000元以内交易报V2（认证已通过）”，提示“银联二维码交易风险限额，请您更换其他交易方式”，可按以下步骤处理。

一、了解限额原因：该报错表明当前银联二维码交易存在风险限额。这可能是基于风控策略，为防范潜在风险，如防范洗钱、套现等违规行为，对银联二维码交易金额进行了限制，即使认证已通过，也需遵守此限额规定。

二、确认交易金额：仔细检查本次交易的金额，确认是否在1000元以内。若交易金额低于1000元仍出现报错，可能是系统误判或其他临时性问题，可稍后再试。若交易金额接近或超过1000元，则受限额影响无法完成交易。

三、更换交易方式：既然银联二维码交易受限，可考虑更换其他交易方式。比如使用传统的刷卡交易，或者选择其他支持的支付方式，如微信支付、支付宝支付等，以确保交易能够顺利完成。

四、关注限额调整：可以关注海科融通官方公告或咨询客服，了解银联二维码交易限额是否会有调整。若后续限额放宽，可根据实际情况重新选择该交易方式。